Fakultas Syari'ah IAIN Ponorogo terdiri dari jurusan Hukum Keluarga Islam atau Ahwal Syakhshiyyah, jurusan Hukum Ekonomi Syariah, dan jurusan Hukum Tata Negara
Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan terdiri dari jurusan PAI, Pendidikan Guru MI, PBA, Tadris Bhs. Inggris, Tadris IPA, Tadris IPS, PIAUD, dan Jurusan Manajemen Pendidikan Islam
Fakultas Ushuluddin Adab dan Dakwah terdiri dari jurusan Ilmu Al-Qur'an dan Hadis, Jurusan Komunikasi dan Penyiaran Islam, dan jurusan Bimbingan Penyuluhan Islam
Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam Institut Agama Islam Negeri Ponorogo terdiri dari jurusan Ekonomi Syariah, jurusan Perbankan Syariah, dan jurusan Manajemen Zakat dan Wakaf